La città sorse nel XII secolo per volontà di Genova, quale diretto concorrente economico e amministrativo della vicina Lavagna, controllata dai Fieschi.

Fu la Repubblica Marinara a decidere nel XII secolo di realizzare un borgo fortificato sulla riva destra della foce dell’Entella, il fiume del Levante ligure cui fanno capo alcune valli minori appenniniche nonché alcuni antichissimi collegamenti via terra all’Oltrepò e al Piacentino.

Dato che la pianura costiera alluvionale su cui sorgeva il centro urbano era meno estesa di quella odierna, il nuovo borgo apparve da subito vocato, più che all’agricoltura o alla pesca, alla produzione artigiana e al commercio. A Genova stavano a cuore due attività peculiari del borgo: la produzione dei lunghi remi per le sue galee, ricavati dall’abbondante legname delle erte colline circostanti, e quella del sale. Entrambi i prodotti si potevano ottenere anche in altri punti della costa, e magari con minor spesa; ma la scelta di quel sito era giustificata, agli occhi del governo, dalla sua prossimità all’antica Lavagna, la piccola capitale della potente casata dei Fieschi, che pur facendo parte del patriziato genovese perseguivano una propria attività politica nelle medesime zone dell’entroterra sopra menzionate.

I Fieschi amavano ostentare la loro potenza feudale ed erano orgogliosi dei legami con la Chiesa (cui avevano dato un papa e vari cardinali) ma erano anche gente pratica; così per almeno due secoli anziché osteggiare lo sviluppo di Chiavari si sforzarono di trovare possibili sinergie tra essa e Lavagna. Così nel XIII secolo essi rifecero a proprie spese e in pietra il ponte sull’Entella detto della Maddalena, da cui si accedeva alla cinta muraria di Chiavari tramite il quartiere orientale di Capoborgo, sviluppatosi contemporaneamente agli insediamenti dei francescani, uno degli ordini religiosi a cui questo casato era strettamente legato.

La Chiavari dell’epoca, vista dal mare, non doveva essere molto più grande del nucleo urbano di Noli, il caposaldo filo-genovese nel Savonese: ancor oggi là è possibile vedere l’antica cinta muraria che si diparte da un castello posto a metà collina, quasi fosse il vertice d’un triangolo lasciato, per sicurezza, privo di abitazioni sin quasi alla linea di costa. Nel caso di Chiavari, chi fosse entrato nel borgo da est, tramite Porta S. Francesco, proseguendo a ridosso della collina incontrava le case a schiera, con portici e loggiati, di pertinenza di un casato, i Ravaschieri, strettamente legato ai Fieschi. Questa consorteria s’era infatti riservata il controllo di fatto dei collegamenti tra la collina del Castello, sede della guarnigione, e il “Carrugiu dritu”, al cui centro si trovava l’unica piccola piazza del borgo, cui s’affacciava la parrocchiale (S. Giovanni Battista) e il palazzo del Podestà. Il Carrugiu era la più importante delle tre strade parallele al mare realizzate dai genovesi al momento della fondazione.

La situazione mutò radicalmente ai primi del ‘400, quando il governatore francese Jean Boucicault fece realizzare una Cittadella fortificata, ben collegata alla marina, dove trovarono nuova sede gli edifici amministrativi. Qualche anno dopo i Fieschi dovettero cedere il ponte all’amministrazione della Confraternita dei Disciplinanti di S. Francesco, legata ad esponenti dell’emergente ceto mercantile locale. A seguito della peste del 1469 i chiavaresi autorizzarono l’ebreo Elia ad aprire un banco di prestiti su pegno; nel 1520 s’aprì un Monte di Pietà, secondo il modello attuato da esponenti dell’ordine francescano. La riforma legislativa del 1576 favorì l’accordo tra vecchia e nuova nobiltà; Genova accettò di smantellare il castello e le ormai inutili mura collinari, ma non concesse a Capoborgo l’autonomia amministrativa.

La richiesta, motivata dagli storici legami del quartiere con Lavagna, era sostenuta dall’amministratore laico dei francescani, Vincenzo Costaguta. Egli pochi anni dopo si trasferì a Roma ad esercitare l’attività di banchiere/prestatore. Il suo primogenito, Giovanni Battista, fu nominato da Paolo V Prefetto di Palazzo, e favorì la carriera civile ed ecclesiastica dei familiari, ben presto insigniti del titolo di marchesi. Solo uno dei fratelli - Achille - rimase a Chiavari, per curare le attività genovesi della famiglia (tra cui una fabbrica di sapone). Egli fece costruire un grande palazzo (oggi Rocca, sede dei musei civici) dove ospitò l’Accademia degli Inariditi, e finanziò generosamente la ristrutturazione di tre chiese: S. Giovanni, la Madonna dell’Orto e S. Francesco. Tuttavia, già pochi anni dopo la sua morte (1651), Chiavari fu duramente colpita da una nuova epidemia di peste, e lo sviluppo della città rimase fortemente rallentato sino alla fine del XIX secolo, quando tornarono gli emigranti che avevano fatto fortuna nelle Americhe, e diedero un nuovo volto residenziale alla città.